На вкладке «Кавычки» панели настроек собраны простые правила расстановки кавычек в документе. В первом выпадающем списке три пункта:

• Не изменять существующие. При этом Автотипографика не следит за уровнем вложенности кавычек в тексте.
• Автоматически определять уровень вложенности. Независимо от вида кавычек в исходном тексте уровень вложенности определяется исключительно их последовательностью.
• Определять уровень вложенности по виду кавычек. Двойные кавычки (") всегда считаются внешними, одинарные (') — внутренними.

Вид кавычек внешнего и внутренних уровней (во второй версии Автотипографики не делается различия между вторым и более глубокими уровнями) вложенности выбирают в двух выпадающих списках. Если подходящей пары вы не нашли, укажите значение «Другие» и в появившиеся поля впишите html-код кавычек.